一、相關法規。日本主要依據《外匯和對外貿易法》《進出口交易法》《出口貿易管制令》《進口貿易管制令》等法律法規對進出口貨物實行許可管理。

二、進口許可。根據《進口貿易管制令》須獲進口許可的商品有海產品、消耗臭氧層物資、野生動植物、鉆石、外國文物、汞及含汞制品等20個大類貨物，以及來自利比亞、朝鮮、敘利亞、伊拉克、索馬里的全部或特定貨物等，許可證有效期通常為6個月；

三、出口許可。一般情況下，屬于《出口貿易管制令》或《外匯管制令》范圍內的每批出口貨物都需要一份單獨的出口許可證。《出口貿易管制令》規定了需要經日本經濟產業省批準的貨物及其目的地。個別情況下，還需要事先獲得農業、林業和漁業部的批準，或必須根據其他法律/法規獲得許可。為獲得出口許可證，出口商必須填報相關的申請表格和證明文件，包括最終用戶、最終用途證明，并向經濟產業省提出申請。對于兩用物品，許可證的批準取決于經濟產業省基于目的地和最終用戶的風險評估。

四、實施機構。經濟產業省負責受理進出口許可的申請，簽發進出口許可證。

五、數字化措施。日本于2015年向世貿組織交存了其接受《貿易便利化協定》(TFA)的文書。企業可通過日本的單一電子窗口“日本自動化貨物和港口綜合系統(NACCS)”，與海關和其他有關機構進行程序化的在線處理。2018年，近99%的進出口報關單通過該系統辦理。但目前沒有考慮強制通過NACCS提交海關申報。